وقتى كه مذهب رسمى امپراطورى روم شرقى مسيحيت نبود ، عيسويان ايران آرامش كامل داشتند ، اما همين‌كه قسطنطين امپراطور روم شرقى به آئين مسيح ( ع ) درآمد ، عيسويان ساكن سرحدهاى ايران وقتى ديدند ، دولت مقتدرى با آنان هم‌مذهب شد ، به طرف امپراطورى روم شرقى گرويدند . اين مسئله يكى از موضوعات بسيار مهم دوران حكومت ساسانى بود ، بدين معنى كه علل بسيارى از جنگهاى بين ايران و روم وجود اين عيسويان و ارمنستان بود ، اينان در مواقع جنگ بين دو كشور در موقع غلبه و شكست يك طرف نقش مهمى را ايفا مىكردند . به همين نحو بر اثر اختلافات مذهبى كه در روم شرقى بين دانشمندان و امپراطوران پيدا شد ، نتيجه‌اى مستقيم بر روى انتقال و دخول علوم و طب در كشور ما اثر گذارد كه از نظر طب مخصوصا انقلاب عظيمى برپا كرد . اختلافاتى كه بين عيسويان و ايران به عمل آمده شواهد و امثال زياد دارد . در اين مختصر فقط به ذكر چند واقعه مىپردازيم . اولين دفعه در دوران شاپور دوم پادشاه ساسانى اين امر صورت تحقق يافت ، بدين معنى كه شاپور نامه‌اى سخت به شاهزادگان كشور آرامى نوشت ، كه رئيس مسيحيان موسوم به سيمون بر صباعى ( Simon Barsabba'e ) را دستگير كنند و تا نامه را امضاء نكند و خراج و ماليات عيسويان را دو برابر نپردازد . او را از حبس آزاد ننمايند . سيمون حبس را ترجيح داد و از امر شاه ايران سرپيچى كرد . وقتى خبر به شاپور رسيد ، شاه فرياد برآورد كه سيمون مىخواهد پيروانش را به شورش وادارد و مملكت را به هم‌كيش خود قيصر روم تسليم كند . نتيجه آن شد كه عيسويان تعقيب گرديدند و اين امر از سال 339 ميلادى تا سال فوت شاپور ادامه داشت ( وفات شاپور 380 ميلادى است ) .